讓抽氣櫃提供最佳的保護能力，使用人員的正確操作是其重要因素。正確的操作及工作方式，將可以大幅降低污染物外泄之可能性，延長通風使用壽命。
一．操作前檢查
操作人員在啟動樓頂風機系統後，即可開始使用抽氣櫃，在使用抽氣櫃前需先檢視：
1.電源開關是否都處於開啟位置。
2.日光燈開關是否打開。
3.抽氣櫃是否處於排風狀態。
當所有檢查結果一切正常時方可開始操作抽氣櫃。
二．抽氣櫃正確操作模式
1.玻璃視窗全開狀態僅在組裝、調試內部儀器設備或清潔櫃內空間時方允許出現，此為「調試狀態」。
2.調玻璃視窗開至使用者手肘處（半開），使操作人員手伸入櫃內操作實驗，而胸部以上則受玻璃視窗安全鋼化玻璃所屏護，此為「正常操作狀態」。
3.調節門開至最低開度，操作人員離開，使櫃內實驗程序自行反應或暫停實驗，此為「待機狀態」。
4.實驗人員在抽氣櫃實驗進行中時，應避免將頭伸入調節門內，以避免危險。
5.抽氣櫃內應避免放置過多非必要物品、器材，以免干擾空氣的正常流動，造成擾（湍）流。
6.實驗物品、器材放置在抽氣櫃內時，應距離調節門內側150mm左右，以確保排氣順暢。
7.操作人員在結束工作、離開抽氣櫃前，應將抽氣櫃內設備電源關閉，並將所有水、電、氣開關予以關閉，將調節門降至最低位置後方可離開。
8.抽氣櫃內雖均為高分子耐腐蝕材料，但為延長使用壽命，適當的清潔保養是必要的。平時使用時若有試劑、藥品噴濺應即時拭擦、清除，在每天停止工作離去前，應將內部以清水擦拭清潔，每三個月至少一次將導流板卸下清洗檢查。
9.抽氣櫃下方的柜子因裝有電源控制箱，所以嚴禁放置任何具有腐蝕性物質，也不能將電源控制箱擋住，以免發生危險。
10.每台抽氣櫃都有電路保護系統（熱繼電器+交流接觸器雙重防護），設總電源用斷路器（NFB）一隻(附漏電保護)，對風機、風閥、燈具及插座實行控制保護。電源插座僅提供10A/220V使用規格，當設備總用電超過10A時，需另行設計。
三．設備及材料的正確擺放位置
櫃內放置裝備或儀器時，其擺放位置會影響抽氣櫃內氣流形態，當操作人員站在抽氣櫃前方時，會造成一股渦流，而此時如果操作人員前方物品置放位置不正確時，將會導致這種逆流及擾流的情形加重。
為此提供幾種建議做參考：
1.器材應儘量於靠抽氣櫃內部深處放置，並應至少距離調節門15至20厘米。
2.若因裝備過長而將其伸出調節門外，或置放之位置足以影響調節門之開啟或關閉。
3.當放置設備高度超過10厘米時，此設備下方需要有氣流通道，可使用不鏽鋼支架將設備架高，中空型或孔狀支架可以降低對氣流形態之干擾。
4.應避免在抽氣櫃內置放過多的設備及儀器，在抽氣櫃內的裝備或其它設備總面積不得超過台面板面積50%。
5.抽氣櫃內如須使用需用電源之設備或儀器時更應注意，該設備應接地，以降低火花產生的可能性。電源線應從下方進氣口處拉出，外接電源插座，電源插座也應有完善及經過認證的接地設施。
6.櫃內有產生高熱負載設備，其熱源將會造成櫃內氣流變化，影響抽氣櫃玻璃視窗開口下方的表面風速。熱氣流會增加玻璃視窗開口下方的表面風速，開口上半部的表面風速降低。
7.由於一般在抽氣櫃內的上方以及調節門的後方都會有逆流及渦流的存在，所以應儘量避免在這兩個部位產生大量之氣流擾動。
四．操作人員的位置與動作
1.抽氣櫃操作人員應隨時注意自己本身與抽氣櫃之相對位置，因為抽氣櫃內會聚集污染物質，所以操作人員絕對不可以在抽氣櫃實驗進行中的任何時刻，將頭伸進抽氣櫃內，這將會造成污染的空氣流經操作人員的呼吸區。
2.當抽氣櫃內開始產生污染物質時，操作人員必須慢慢地接近或離開抽氣櫃，因為快速的移動將會造成靠近抽氣櫃前開口處的氣流產生擾動，而帶出櫃內之污染物質。
3.在抽氣櫃前方，操作人員亦應避免快速的揮動手臂以及移動位置。
五．垂直與水平拉門之正確位置
1.除必要外，應隨時將垂直拉門置於最低之位置，除可保護操作人員並能降低調節門把手阻擋操作人員之視線。抽氣櫃之調節門僅可在「調試狀態」時方可置於全開位置。
2.將調節門降至操作人員呼吸區以下，其作用在於建立一個人員與櫃內污染物間之隔離屏障，以保護操作人員。
3.當空氣進入水平調節門開口時，沿著調節門的垂直邊緣的區域會產生渦流，渦流會向櫃內後方延伸並且會將污染物質帶回到調節門。所以無論污染於櫃內何處產生，都會在調節門附近聚積。
4.調節門雖可在櫃內發生飛濺或爆炸等意外事件時，對操作人員提供保護，但是必須切記調節門內側污染物濃度值為最高。一般而言，必須避免在調節門前做快速的移動。
5.避免快速地從櫃內取出物品或裝備。
6.在不使用抽氣櫃時應隨時保持調節門於關閉位置。
六．降低抽氣櫃附近區域人員流量
當有人走過抽氣櫃前方時會產生大量的橫越氣流，因此當櫃內正在產生具危險性之物質時，應通知其它在實驗室人員，並限制人員經過抽氣櫃前方或改道。
七．確保抽氣櫃清潔乾淨
當抽氣櫃處理過具高毒性、高殘留性或放射性的物質後，應立刻對抽氣櫃內部加以清潔及去除污染。
被污染之抽氣櫃應掛上一明顯的警示牌，並告知維修人員那些管路系統可能會被污染，以免傷及維修人員。
八．抽氣櫃內不可儲存任何物品
實驗室抽氣櫃不應該做為替代化學品儲存櫃而於櫃內儲放化學物品，抽氣櫃會因為櫃內儲放過多的物品以及有效工作空間縮減而造成性能降低。
九．總述
下列為正確使用抽氣櫃注意要點歸納：
1.操作人員在抽氣櫃前工作時隨時與調節門保持150mm以上距離。
2.從櫃內取出物品時動作宜小。
3.不工作時，應確保玻璃視窗處於關閉狀態。
4.調整導流板需要在製造商或有資質的相關人員指導下進行。
5.將櫃內污染物及設備等墊高，同抽氣櫃檯面板隔空，以使氣流能從其下方通過。
6.如需在抽氣櫃內儲放必要物品或設備時，應儘量將其置於左右側邊上，並且遠離污染產生源。不可儲存會伸出櫃外或妨礙調玻璃視窗開合或者會阻擋導流板下方開口處的物品或設備。
7.儘量減少在抽氣櫃內以及調節門前進行大幅度動作。
8.當在抽氣櫃前工作時，應儘量減低實驗室內人員移動，若在抽氣櫃前人員移動頻繁將會造成大量的橫越氣流。
9.在抽氣櫃實驗進行中的任何時刻，人員頭部以及上半身絕不可伸進抽氣櫃內。
抽氣櫃正確操作方法
抽氣櫃應當操作前檢查：
1)需要開啟的電源是否開啟或者是是否在開啟位置，電源插座是否有電。
2)抽氣櫃是否處於排風狀態; 還有其他需要檢查，詳見說明書。
抽氣櫃正確操作模式;
1)實驗人員在抽氣櫃實驗進行中時，應避免將頭伸入調節門內，以避免危險;
2)抽氣櫃內應避免放置過多非必要物品、器材，以免干擾空氣的正常流動，造成擾(湍)流;
3)實驗物品、器材放置在抽氣櫃內時，應距離調節門內側150mm左右，以確保排氣之順暢(ASHRAE-110)
4)操作人員在結束工作，離開抽氣櫃前，應將抽氣櫃內設備電源關閉，並將所有水、電、氣開關予以關閉，並將調節門降至最低位置後方可離開;
人員設備及材料的正確擺置
提供幾種建議做參考：
1)器材應儘量於靠抽氣櫃內部深處放置。
2)應避免在抽氣櫃內置放過多的設備及儀器，在抽氣櫃內的裝備或其它總面積不得超過台面板面積50%;
己本身與抽氣櫃之相對位置，人員絕對不可以在抽氣櫃實驗進行中的任何時刻，將頭伸進抽氣櫃內。;
3)當抽氣櫃內開始產生污染物質時，操作人員必須慢慢地接近或離開抽氣櫃。
4)一般而言，必須避免在調節門前做快速的移動;
5)避免快速地從櫃內取出物品或裝備;
6)在不使用抽氣櫃時應隨時保持調節門於低態。